L’AADJ est la structure juridique qui supporte le CDJ et en assure le fonctionnement. Elle est constituée en ASBL et est composée d’une assemblée générale, d’un conseil d’administration, d’un bureau et d’un secrétariat général. Les membres fondateurs de l’AADJ sont des médias ou associations de médias, parmi lesquelles les associations professionnelles des journalistes (AJP) et celles des éditeurs. Le pouvoir de décision est partagé équitablement entre les représentants des éditeurs de médias et ceux des journalistes. L’AADJ est l’interlocutrice, notamment des pouvoirs publics, pour les questions institutionnelles.
Le CDJ n’a pas de personnalité juridique propre. Il est le bras opérationnel de l’AADJ et est notamment l’interlocuteur du public pour les questions de déontologie journalistique. Il exécute les missions confiées par le décret qui le reconnaît. La composition des deux instances est différente ; seule une partie des membres du CDJ le sont aussi de l’AADJ.